据《经济观察报》报道，修改稿中进行了大范围调整的是基本药物制度。基本药物制度在征求意见稿中的改革表述引发了很多争议，问题主要集中在定价、生产、使用等方面。基本药物制度，是一整套政策体系，包括目录制定、生产、定价、流通、使用、报销等环节。修改稿中，基本药物的“定点生产”被删除，而改为“基本药物实行公开招标采购”。这一改动被认为更多体现了市场竞争的原则。

　　修改稿还把“统一制定零售价”修改为“国家制定基本药物零售指导价格，在指导价格内，由省级人民政府根据招标情况确定本地区的统一采购价格”，即国家不再制定统一的基本药物零售价格。

　　征求意见稿中称，“城市社区服务中心(站)、乡镇卫生院、村卫生室等基层医疗卫生机构应全部使用基本药物，其他各类医疗机构也要将基本药物作为首选并确定使用比例。”修改稿中则在“全部使用”中间加了“配备”二字。即改为“城乡基层医疗卫生机构应全部配备使用基本药物”。医改专家指出，加入这二字表明：“基本药物配送到位，但基层医疗机构可以使用基本药物，也可以使用非基本药物。”